www. で始まるサーバでサブディレクトリに新規ブログを作成する場合。

これで全てかはわかりませんが、見つけたものを書いていきます。

・[wp-config.php] 下記にwwwから始まるサーバ名を入力。
（おそらく自動インストール完了直後は www. がはずされたドメイン名のみが入っているはず。）

define('DOMAIN_CURRENT_SITE', '***' );

・DBの下記のテーブルを修正
　− wp_site
　− wp_1_options

・[wpmu-settings.php] 9〜10行目あたりの下記をコメントアウト

if( substr( $domain, 0, 4 ) == 'www.' )
$domain = substr( $domain, 4 );